Landsmøtet er Hodepine Norges øverste myndighet. Det er de som tar beslutningen om vedtekter, hovedlinjer for arbeidet og hvem som skal sitte i styret. Landsmøtet består av delegater fra lokallagene og medlemmer av landsstyret.
Landsstyret velges av landsmøtet og har ansvar for å lede organisasjonen mellom landsmøtene. Styret fastsetter strategier, budsjett og følger opp at organisasjonen drives i tråd med vedtektene og vedtakene.
Lokallagene er organisasjonens grunnmur. De skaper aktivitet for medlemmer i hele landet, bygger fellesskap og er en viktig stemme lokalt.
Nettverksgruppene har som formål å gi medlemmene et fellesskap hvor de kan få verdifull informasjon, sosial støtte, og mulighet for kunnskaps- og erfaringsdeling som fremmer mestring. Gruppene jobber også for å øke bevisstheten om de spesifikke utfordringene medlemmene står overfor, og skape oppmerksomhet rundt disse
Administrasjonen, ledet av generalsekretæren, står for den daglige driften og gjennomføringen av styrets vedtak.
Medisinsk fagråd er en rådgivende støttefunksjon som bidrar med medisinskfaglig kunnskap og kvalitetssikring i arbeidet med hodepinesykdommer. Fagrådet skal biddra til at vedtektenes bestemmelse om evidensbasert medisin ivaretas.
